2011-жылдын 26-апрелиндеги Кыргыз-Түрк “Манас” университетинин мындан аркы ишмердүүлүгү жөнүндө келишимдин 7-беренесине ылайык университеттин окуу, башкаруу жана финансылык ишмердүүлүгү, ошондой эле Камкорчулар кеңешинин каржылык чыгымдары жана башка иш-чаралары текшерүү комиссиясы тарабынан көзөмөлдөнөт. Текшерүү комиссиясы кыргыз жана түрк тараптан 4 адамдан түзүлүп, жалпы 8 адамдан турат. Текшерүү комиссиясынын кыргыз тараптан мүчөлөрү Кыргыз Республикасынын Өкмөтүнүн токтому менен дайындалат. Текшерүү комиссиясынын төрагасы комиссиянын мүчөлөрүнүн ичинен тараптардын өз ара макулдашуусу боюнча ар бир тараптан кезек менен 2 жылдык мөөнөткө дайындалат. Текшерүү комиссиясынын мүчөлөрүнүн ыйгарым укуктарынын мөөнөтү 5 (беш) жылды түзөт.
Проф., док. Нажи Гундоган
Текшерүү комиссиясынын төрагасы,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин аткаруу кеңешинин мүчөсү
Жибек Дуйшеева
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Каржы министринин орун басары
Проф., док. Рахми Эр
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин мүчөсү
Исираилова Айнура Төлөбаевна
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлигинин жогорку, орто кесиптик жана жогорку окуу жайдан кийинки билим берүү башкармалыгынын башчысы
Проф., док. Метин Топжуоглу
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Түркия Республикасынын Жогорку билим берүү комитетинин төрагасынын орун басары/ аткаруу кеңешинин мүчөсү
Абазов Муктарбек Акынбекович
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Финансы министрлигине караштуу Мамлекеттик салык кызматынын Бишкек шаары жана Түндүк региону боюнча ири салык төлөөчүлөрдү контролдоо боюнча башкармалыктын жергиликтүү салыктар бөлүмүнүн башчысы
Исмаил Эраслан
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Түркия Республикасынын Каржы министрлигине караштуу Стратегиялык пландоо башкармалыгынын башчысы
Камчыбеков Алик Шейшенканович
Текшерүү комиссиясынын мүчөсү,
Кыргыз Республикасынын Финансы министрлигине караштууу Ички аудит кызматынын аудит бөлүмүнүн башчысы